Sonic The Hedgehog 3, kendilerini yeni güçlere sahip gizemli ve güçlü bir düşman olan Shadow ile karşı karşıya bulan Sonic, Knuckles ve Tails’in maceralarını konu ediyor. Dünya bir kez daha büyük bir tehlike ile karşı karşıyadır: Shadow. Neredeyse hiç kimse bu karanlık figür hakkında bir şey bilmiyor gibi görünüyor. Ancak bir şey hızla netleşiyor, Shadow aşırı bir güce sahip, öfke ve intikam arzusundan neredeyse kör. Dünyayı kurtarmak bir kez daha Sonic, Knuckles ve Tails'e düşer.