Film, Ulusal Kara Panter Partisi başkan yardımcısı Fred Hampton’ın hayatını ve FBI muhbirliği yapan William O’Neal tarafından ihanete uğramasının hikâyesini anlatıyor.  Judas and the Black Messiah, Black Panther Party liderlerinden olan Fred Hampton'un hayatına odaklanıyor. Fred Hampton adında aktivist olan bir genç, siyah topluluğunun özgürlüğünü kazanması ve siyahların katledilmesine son vermek için savaşan Black Panther Party başkanlarından biri olur. Başkan Fred, bir nesle ayaklanmaları ve basıların karşısında olması için ilham kaynağı olur. Bu sırada hapis cezasına çarptırılan William O'Neal’a FBI bir anlaşma teklif eder. FBI, William’ın Fred’in partisini sızıp içeriden bilgi vermesi karşılığında ona özgürlük vaat eder. Anlaşmayı kabul eden William, yavaş yavaş Fred Hampton’un sonunu hazırlar.