X-Men '97, 1992-1997 yılları arasında yayınlanan X-Men: The Animated Series dizisinin devamıdır. Hikâye, finalde yaşanan olaylardan bir yıl sonra başlar. Profesör X (İngilizce orijinal ses: Ross Marquand), hem X-Men ekibini hem de Dünya’yı terk etmiştir. Şimdi Scott Summers, yani Cyclops (Ray Chase), X-Men’in yeni lideri olarak Charles Xavier’in mirasını devralmak zorundadır. Ancak mutantlara karşı olan militan bir grup – Friends of Humanity – daha en başından işleri zorlaştırır. Fakat bu, asıl büyük tehdidin yanında hiçbir şeydir: Xavier’in vasiyetine göre X-Men’in liderliğini devralması gereken kötü adam Magneto’nun (Matthew Waterson) gelişi…